حیوانات ماداگاسکار برای بازگشت به نیویورک به یک سیرک اروپاییِ در حال ورشکستگی می‌پیوندند، اما در این مسیر توسط یک مأمور کنترل حیواناتِ روان‌پریش تحت تعقیب قرار می‌گیرند.