حیوانات ماداگاسکار به قصد بازگشت به شهر نیویورک پرواز می‌کنند، اما در یک ذخیره‌گاه طبیعی در آفریقا و در کنیا سقوط می‌کنند؛ جایی که با همنوعان خود روبه‌رو می‌شوند و به‌ویژه الکس درمی‌یابد که میراث سلطنتی دارد و شاهزادهٔ یک گلهٔ شیر است.