سونیک، ناکلز و تیلز بار دیگر متحد می‌شوند تا با دشمنی قدرتمند و جدید به نام شادو مقابله کنند. شادو، شروری مرموز است که قدرت‌هایش فراتر از هر چیزی است که آنها تاکنون دیده‌اند. تیم سونیک که توانایی‌هایش در برابر شادو کافی نیست، باید به دنبال متحدی غیرمنتظره باشد.